能源問題之外，國家的研發經費投入也是業界十分關心的議題。南韓新任總統李明博指出，該國政府對科技投資佔GDP比率將提高至5%，以確保南韓經濟成長動力。反觀台灣對科技的投資比重遲遲無法突破3%，甚至受到其它預算的排擠，而受到極大的刪減壓力。
台灣的國科會官員表示，如果台灣要達到政府研發經費佔GDP的3%目標，2008年的科技預算應該要有12~18%的增幅。不過2008年和2007年相比，增幅只有5%，政府的科技預算對產業發展的幫助愈來愈少，不但不利台灣與南韓的產業競爭，對國家的經濟前景亦有隱憂。
馬、謝均承諾提高研發經費
謝長廷認為，他當選後政府研發經費年成長幅度一定高於15%，若民間產業也能增加投資研發，則在他的4年任內即可達GDP 3%的目標。至於研發分工方面，政府經費主要支應應用型研究領域，包括奈米、晶片系統、電信計畫、生技製藥、基因體、數位學習、農業生技、數位典藏及防災科技等，國科會主導的學術性研究則佔40%左右。其他部會包括經濟部、衛生署、農委會等，主要用以投資在應用科技及誘發民間增加研發經費。
謝長廷也承諾，政府研發經費要做的就是現階段沒有「市場性」的研發，這是政府的責任，具備市場潛力的就交給民間去做，政府居於鼓勵的角色。對於現有的科技研發組織、機構以及運作機制，謝長廷主張應積極推動改造，以提升經費的有效運用並達到國家競爭力提升之目標。
馬英九則主張，台灣2006年全國研發總經費佔GDP的比例為2.58%，與南韓的2.98%，日本的3.33%，芬蘭的3.45%，瑞典的3.82%等國家相較，仍有增長必要。他會維持政府研發經費每年10%的成長，增加對企業的研發補助，尤其是加強對傳統產業及中小企業的研發補助，並將經濟部業界科專經費由2008年佔科專總經費的20%，逐年增加至30%。另外，促產條例於2009年落日後，政府會保留對研發、設計及人才培訓等租稅優惠。
馬英九的目標是在2010年全國研發經費達到佔GDP的3%，2016年達到GDP的3.5%。至於基礎研究經費的比重，要由目前的10.2%增加到12%以上的水準。
在應用型研究方面，以追求技術突破，擴大產業市場為目標，經由產、官、學、研各界的充分評估，將資源集中在具比較利益的領域，並藉由國家型計畫整合上、中、下游的研發資源。另外，針對不合時宜的研究計畫設立退場機制，讓研發資源有效運用。
雖然在科技研發預算方面，兩大陣營都提出了具體的想法，也符合既有業界需求的趨勢，這應是聽取建議之後的結果，但我們都知道，既有的科專問題，不在於預算高低，而是在於執行與分配問題，提高科技研發預算把餅畫大了，然後呢？是讓既得利益者吃得更飽？還是真的錢能用在刀口上？哪些又是刀口？政治人物在制定政策方向時，常常是以「量」來思考，但「質」呢？在這樣的科技研發預算增加的政策中，看不到質的討論。
這裡必須弄清楚的1件事是，站在總統的高度，真的看不到政策之下的執行與落實狀況。以科專預算而言，原本的立意是要解決產業技術升級問題。增加業界科專的比例，對提高業者投入技術研發是有誘因，但是政府經常疏於管控過程，以為錢灑下去就可以讓產業或技術發展起來。
實際上，在政府編列預算之後，雖有立法院嚴格監督，但預算執行的成效與過程，卻往往與編列該預算的美意背道而馳，或者沒有把錢花在刀口上，平白浪費了納稅人的血汗錢。
這些情況總統就算知道，但是因為層級太高，幾任總統都沒有辦法指示行政院亡羊補牢。因為科專或是產業政策要總統給予方向？以總統的「高度」來看似乎是太低層級了，甚至總統也管不到，而授權給下面的人做就好，但實際上台灣經濟的發展就是要靠這些科專或是產業政策，我們的總統豈能置身事外？
因此，民眾總是在總統選舉政見中看到，兩位候選人要提高某些政策的預算與經費等「興利」作為，但在「除弊」與執行力成效方面，則未見著墨，殊為可惜。這也益加凸顯台灣行政只看產值等量化迷思，對於預算執行的品質提升，卻一直沒有有效的方法。
科學園區設立不應成為選票考量
台灣的科學園區規畫深受國際推崇與參考複製，問題是新竹科學園區自1980年設立至今已逾27年，能否有更前瞻的興革？在行政組織變更後，科學園區和工業區都統一劃歸經濟部管理，在新總統的高度上來看，應如何做才能符合國家經濟發展的需求？兩位候選人看法不同。
謝長廷的政見中，台灣科學園區，從新竹科學園區到中部、南部科學園區，到最近的屏東農業科技園區都非常的成功，政府必須要延續這個成功的經驗，依各地區的特性廣設園區，包括精密工業、文化創意、軟體工程與數位內容園區。謝長廷的六星計畫就是以這些科學、工業、人文、數位的園區創造出高品質的經濟產值，規劃中的宜蘭園區就是整合文化創意及數位內容的「三生園區」。
謝長廷認為，台灣如果有21個高產值、高品質、有特色的園區，串之以高速鐵路、高速公路及高速網路的新台灣，絕對成為亞洲重要的國家。
馬英九則指出，台灣產業已逐漸從製造為主、研發設計為輔，轉型成研發設計為主、製造為輔的角色，未來園區的發展重點，應是塑造一個舒適的生活機能，以吸引高素質的研發、設計、行銷及管理等人才進駐，因此他要在園區內外建設高品質的「國際村社區」，並提供良好的生活、居住、醫療、教育、以及雙語環境等，以吸引全球人才。
馬英九要將現有的各式園區串連起來，形成產業創新走廊，並配合園區軟硬體設施的改善，提升台灣產業的研發設計水準，建設台灣成為「全球創新中心」。馬英九的政見亦提到台灣有IT聚落，也應鼓勵「科技產業」、「傳統產業」與「文化創意產業」異業結盟，以帶動相關產業發展。
暫且不論2位候選人的政見如何實現，但從台灣的科學園區複製模式可知，各地方政府積極向中央爭取設立科學園區，目的都是為了繁榮地方，繁榮的大餅劃下去之後，選票自然唾手可得。不過，負責開發科學園區的國科會卻指出，台灣開發科學園區需徵收土地、興建道路及水電基礎設施，不斷地開發科學園區讓科學園區作業基金負債累累，光支付向銀行借款的利息1年即高達10餘億元。
立法院預算中心也批評國科會盲目開發科學園區會浪費公帑，經建會亦指出園區作業基金應注意財狀況。根據國科會的估算，政府因為開發科學園區的負債，園區管理局作業基金2007年底負債879億元，若計入利率成本，則該基金在2014年將負債1,231億元。如果完全不舉債，最快也要到2040年才會把負債清償完畢。
然而以馬英九和謝長廷的政見來看，科學園區的開發勢必還要續建，甚至大幅擴大才能因應廠商的土地需求，並照顧地方政府的利益。若園區管理局作業基金負債的情況無法找到解決之道，政府負債勢必雪上加霜。再加上國科會委託中立機構的調查發現，科學園區停車位嚴重不足、生活機能不便、上班時嚴重塞車，幾年來都無法解決。政治人物畫出美好的藍圖的背後，怎麼就沒有看到現存的許多問題？
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